根据《中华人民共和国审计法》有关规定，2006年审计署对北京、河北、山西、辽宁、吉林、黑龙江、上海、江苏、浙江、安徽、山东、河南、湖北、广东、重庆、四川、云南和陕西等18个省（市）收费公路建设、运营、管理情况进行了审计调查。审计署2月27日发布了18个省市收费公路建设运营管理情况审计调查结果。
收费公路规模过大增加了社会运营成本。除北京和上海外，“十五”期间16个省（市）收费公路规模增加较快，新增二级以上公路的67%为收费公路。债务负担偏重。“十五”期间浙江等10个省（市）收费公路投资完成额6400亿元，其中投入的银行贷款等债务性资金高达4700多亿元，占73%。
部分收费公路存在偿债风险。除国家主干公路的效益相对较好外，部分地方高速公路等项目的使用效率明显低于预期。如江苏省交通控股有限公司管理的17条高速公路中，8条的实际车流量平均为可研预测值的60%，其中南京至高淳高速公路车流量仅为可研预测值的9%。由于资产利用率不高，加上债务负担重，导致许多项目偿债能力差，存在较大偿债风险。
违规设站收费等做法给社会增加了较大负担。一些地方政府和交通部门从自身利益出发，把收费公路作为融资平台，在公路上违规设站、提高收费标准，将政府还贷公路随意转为经营性公路等。一方面，经营企业从地方政府批准的高收费期限和收费标准上获取收益，用来再投资政府指定的其他项目及弥补财政经费等；另一方面，地方政府也从包括公路等各种投资活动、企业经营收益中获得税收收入等。这种做法影响了政策目标的实现和效果，加大了社会负担。
审计抽查山东、北京等12个省（市）35条经营性公路，由于批准收费期限过长，获取的通行费收入高出投资成本数倍乃至10倍以上，成为“高价公路”。如北京市首都机场高速公路总投资11.65亿元，其中银行贷款7.65亿元，在收费3年多后，北京市于1997年1月重新批准收费30年，至2005年底已收费32亿元，估算剩余收费期内还将收费90亿元。
部分收费公路经营权转让不规范。审计调查山东、江苏、浙江等10省（市）106个公路经营权转让项目发现，一是地方政府越权和违规审批经营权转让项目64个，占转让项目数的60%。二是用银行贷款抵顶转让金。三是经营权转让程序不合规。
部分收费公路管理问题突出：少数收费公路管理部门机构臃肿，人员收入偏高，通行费收入主要用于人员经费开支。
辽宁、山东、重庆等15省（市）交通部门违规问题严重。仅2003年至2005年，就违规减免一些政府机关、交通系统单位和个人应缴的通行费8.4亿元。部分收费公路管理部门机构臃肿、人员收入过高问题突出。财政性资金投入经营性公路形成的国有股权收益及转让公路国有资产取得的转让收益中，有58亿元闲置或被挪用，没有用于公路再建设或偿还贷款，其中17.9亿元被挪用于建楼堂馆所、投资股票、发放奖金福利和对外投资等。
